Lorsque vous effectuez une expérience pour identifier les protéines par spectrométrie de masse, quelle devrait être la taille du volume de l’échantillon?

[Bien que je sois flatté que les gens me demandent leur avis sur ces sujets, je dois dire que la protéomique est complexe à l’extrême. Donc, pendant que je ferai de mon mieux pour vous orienter dans la bonne direction générale. S’il vous plaît, comprenez, il n’est tout simplement pas possible logistiquement de répondre à la plupart des questions dans ce domaine d’étude de façon exhaustive dans ce type de forum.]

Cela étant dit, la meilleure chose que je peux vous dire est que cela dépend principalement de la configuration de la chromatographie qui est principalement pilotée par les besoins du spectromètre de masse afin d’isoler et d’identifier la protéine cible.

L’analyse protéique fait généralement appel à des techniques «nano LC» ou «LC capillaires» afin de mieux isoler et identifier la protéine cible (Google «déconvolution protéique» si vous voulez que votre tête explose). Donc, avec ces méthodes, vous serez plus préoccupé par le taux d’injection que le volume. Le volume doit juste être suffisant pour maintenir l’injection au taux prescrit pendant la durée nécessaire pour terminer la course. Un taux d’injection raisonnable pour nanoLC est quelque chose comme 500nL / min. Une durée d’exécution raisonnable peut être de 30 minutes, vous obtiendrez quelque chose comme 15μL.

Pour plus d’informations, voici un excellent exemple d’étude des protéines avec une description complète de la préparation de l’échantillon, de la configuration de l’instrument et de la procédure d’analyse (PDF):
Page sur phas.ubc.ca

Si vous regardez un lysat eucaryote à cellules entières, alors il est assez typique pour le laboratoire MS de charger 1 ug de protéines totales sur une colonne nano LC. Un échantillonneur automatique nano typique associé à un piège ventilé / un dispositif d’analyse peut injecter jusqu’à 10 ul d’échantillon et le charger sur la colonne piège dans un délai raisonnable. Par conséquent, vous devez viser une concentration minimale de 100 μg / ml et fournir au laboratoire MS au moins 25 μl d’échantillon pour permettre au moins une réinjection. Les injections en triple sont assez fréquentes, alors vous pouvez envisager de fournir 40-50 ul dans ce cas. Si votre concentration est supérieure à 100 ug / ml, vous pouvez fournir des volumes proportionnellement plus faibles. Si votre mélange est moins complexe qu’un lysat eucaryote (pulldown IP, bande de gel, protéine purifiée, etc.) alors vous pouvez fournir des quantités totales encore plus basses parce que le signal à travers le système analytique est concentré en moins de composants.