Les hélices alpha sont-elles dégradées différemment des feuilles bêta?

Les hélices alpha et les feuillets bêta diffèrent par leurs angles dièdres du squelette: ce sont deux conformations différentes des mêmes produits chimiques. Les sites actifs des protéases – les enzymes qui dégradent les protéines – agissent sur une conformation peptidique étendue beaucoup plus semblable à un brin bêta. Alors que le mécanisme ultime du clivage des liaisons est le même, les hélices doivent d’abord subir une transition conformationnelle plus importante (et potentiellement énergiquement exigeante). Pour cette raison, typiquement les hélices sont relativement protégées de la protéolyse.

Les deux systèmes ubiquitine et lysosomal impliquent des protéines de famille de choc thermique qui aident au dépliement des protéines, et comme Andrew le fait remarquer, puisque les hélices sont plus stables, il faudra plus d’énergie / temps pour les démêler. Mais le processus de dégradation lui-même est le même, d’abord un grand nombre de peptides courts, dont la longueur peut être affectée par la séquence d’acides aminés locale (qui peut affecter si ce peptide faisait partie d’une hélice ou d’une feuille).

Donc, alors que la réponse courte est non, il y a quelques nuances. En outre, j’ai abordé la dégradation intracellulaire, mais la dégradation dans le tube digestif ou dans la vacuole d’un macrophage est un processus sloppier acide-et-protéase. Dans ces cas, étant donné que les hélices ont tendance à se trouver à l’extérieur d’une protéine, elles se dégraderaient plus rapidement (sauf en milieu acide), et que tout ce qui se trouvait à l’extérieur serait dégradé en premier.

Comme vous pouvez le voir, en biochimie il n’y a pas de réponses simples!

Cela dépend de ce que vous voulez dire, exactement, mais je vais risquer de donner la réponse simpliste de: oui. Les liaisons chimiques sont différentes et ont des structures différentes, donc les taux de dégradation sont différents. Cependant, si vous parlez de * ce qui * les dégrade, c’est une histoire différente.